El gobierno de la UNLaM es ejercido con la participación de los distintos sectores de la actividad universitaria, entre los cuales se encuentran representados los docentes, estudiantes, no docentes y graduados. La Asamblea Universitaria está integrada por los miembros del Consejo Superior titulares, el Rector y el Vicerrector, los miembros titulares de los Consejos Departamentales y los Decanos y Vicedecanos de Departamentos y es la encargada de elaborar y elevar al Poder Ejecutivo Nacional el Estatuto de la Universidad y proponer su reforma cuando lo considere conveniente y oportuno, elegir Rector y Vicerrector, entre otras funciones.